Zriaďovateľom Gymnázia sv. Františka Assiského v Levoči je
Rímskokatolícka cirkev Biskupstvo Spišské Podhradie, Spišská Kapitula 9
Diecézny školský úrad plní úlohy zriaďovateľa v zmysle zákona č. 245/2008 Z. z. o výchove a vzdelávaní, zákona č. 596/2003 Z. z. o štátnej správe v školstve a školskej samospráve v znení neskorších zmien a doplnkov a zákona č. 597/2003 Z. z. o financovaní základných škôl, stredných škôl a školských zariadení v znení neskorších zmien a doplnkov.