Základom loga je „Tau“ – symbol Františkánskeho rádu. Je umiestnený v centre loga, predstavuje východisko, Bod nula – vznik školy na princípoch a s menom sv. Františka.
Gotické oblúky sústredené do centra – vzdialenosť medzi Tau a prvým vnútorným oblúkom predstavuje prvú dekádu existencie gymnázia, vzdialenosť prvého a druhého oblúka symbolizuje druhú dekádu. Polovičná vzdialenosť medzi druhým a vonkajším oblúkom zastupuje poslednú päťročnicu gymnázia.
Levoča – gymnázium je od svojho začiatku späté s týmto mestom a Levoča je aj súčasť oficiálneho názvu školy.
Názov školy – umiestnenie prevzaté z loga školy, prepojenie na existujúce logo školy, text kopíruje tvar vonkajšej klenby.
Autorom loga je DARIUS IT, s.r.o. Hamrák.
